美国疾病控制和预防中心(CDC)基因检测参考材料项目(GeT-RM)与临床基因组资源(ClinGen)合作，开发了一份公开可用的清单，其中包括84个基因中546个专家策划的致病变异，用于下一代测序(NGS)基因检测。此列表可作为知识资源，用于设计全面的分析验证研究，并通过定义疾病的主要贡献者或难以检测的变异，为临床基因组检测开发创建计算机调制或模拟参考材料。他们的研究发表在《分子诊断杂志》上。
基因检测已经从询问一个或几个基因中已知的小组致病变异发展到使用NGS同时检查数百或数千个基因。对于这些大型的分析，从逻辑上很难(通常不可能)获得包含进行全面验证研究所需的全部变异和变异类型的基因组DNA参考材料。
对于实验室来说，保持专家知识来识别适合纳入验证研究的代表性变异，以确保分析和临床有效性是一项挑战。此外，使用传统参考材料进行全面的验证研究可能成本较高。新的专家推荐的变量列表将有助于解决这些复杂性。这很重要，因为设计良好和经过验证的临床分析可以为患者提供准确可靠的结果，从而实现准确的诊断和适当的治疗决策。
“我很高兴我们能够催化这种重要的新方法。它将为测试开发人员消除一个关键的瓶颈，并可能有助于协调跨实验室的测试开发和验证，”联合首席研究员Birgit Funke博士说，美国CT斯坦福德Sema4基因组健康部门。
专家小组被要求在他们所覆盖的基因中提名临床上重要的变异。每个专家小组被要求在每个疾病领域提名大约10个变异，包括致病变异是疾病的最大贡献者，以及可能对实验室构成潜在分析挑战的变异。总的来说，在84个基因中发现了546个独特的变异。被提名的变异导致了广泛的疾病，其中许多通常是由NGS检测的，包括遗传性癌症、先天性代谢错误、心肌病、糖尿病和免疫紊乱。
ClinGen等位基因注册表用于标准化所有提名变异的命名，并在可用的地方添加ClinVar变异id和相关疾病。美国食品和药物管理局(FDA)已认可ClinGen的保存过程及其结果分类为一个监管级变体数据库。通过国家生物技术中心(NCBI)的ClinVar数据库和ClinGen的证据库，可以获得精心策划的变体。
麻省理工学院和哈佛大学布罗德研究所医学和人口遗传学项目的Heidi Rehm博士说:“ClinGen很高兴与美国疾病控制与预防中心建立了这种伙伴关系，以扩大专家策划的内容的GeT-RM项目。”美国马萨诸塞州综合医院基因组医学中心
FDA和包括分子病理学协会和美国病理学家学院在内的专业协会已经开始承认大规模检测的挑战，并以指导方针作出回应，允许在硅(计算机模拟或模拟)参考材料中使用，以补充临床试验验证操作。这些硅资源是真正可扩展的，可以量身定制，以满足任何基因面板大小的需求，包括整个外显子组/整个基因组方法，这是越来越多的临床应用。
“基因测试界非常支持这一努力，我们已经开始了一个试点项目，以展示如何通过NGS测序文件的硅诱变来创建参考材料，作为该项目的一部分，”联合首席研究员Lisa Kalman博士，实验室系统部信息学和数据科学部，CDC, Atlanta, GA, usa。“该试点项目将检查生成NGS文件的临床实验室是否能检测到新增的变体，并演示一个一般流程，供实验室开发符合自身需要的电子参考材料。”
GeT-RM和ClinGen将继续合作，添加到当前的变异列表，并邀请遗传学社区对该列表及其生成过程的输入。访问临床基因组测试开发和验证专家策划的变异列表:一个ClinGen和GeT-RM合作项目，网址为https://www.clinicalgenome.org/tools/get-rm-collaborative。
