研究人员已经开发了一种方法，通过临床下一代测序准确检测病毒，并描述了值得进一步研究的特定肿瘤和病毒之间的新联系。这一信息使得在治疗方案中考虑病毒状态更加可行。他们的发现发表在《分子诊断杂志》上。
病毒通常从正常的人类细胞转移到实体肿瘤中的恶性细胞。然而，在目前的临床实践中，病毒检测是有限的。普遍筛查病毒在技术上或财政上都不可行，因为目前标准的护理技术是单一的、昂贵的，而且工作流程具有挑战性。
研究人员开发了一种数字减影技术，将人类基因组细胞从测序分析中删除，以确定病毒DNA的存在，作为一种质量保证(QA)过程。这种生物信息学技术不需要额外的测序，并且可以以最小的额外成本实现病毒检测。他们的结果可与肿瘤病毒鉴定的标准临床方法相媲美。
“我们决定看看通常与病毒有关的肿瘤类型,在几乎所有情况下,QA工具检测到病毒我们的预期,”首席研究员查德·m·范德比尔特解释说,医学病理学系实验室医学系,纪念斯隆凯特林癌症中心,纽约,纽约,美国。“有了这一令人鼓舞的发现，我们决定完善这种方法，作为微生物组检测管道，并扩展分析，看看这种方法在检测临床相关病毒和发现意想不到的病毒-肿瘤关系方面的工作效果如何。”
这项研究是关于癌症中人类DNA病毒检测的最大规模和最全面的研究。该研究使用了2014年1月至2020年10月收集的48148个实体肿瘤的数据，这些数据由美国食品和药物管理局(fda)批准的晚期实体肿瘤患者的肿瘤谱分析测序。一个BLAST(基本的局部比对搜索工具)算法将肿瘤中出现的非人类(未映射)测序序列与来自国家生物技术信息中心病毒数据库的所有人类病毒进行了比较。研究人员在不同肿瘤类型和病毒种类之间使用多种方法交叉验证了他们的结果，发现他们的方法在检测高危人类乳头状瘤病毒(HPV)和eb病毒(EBV)方面与临床验证的原位杂交和扩增方法具有相当的敏感性。
研究人员随后扩展了分析，发现了新的肿瘤病毒关联。先前未报道的神经母细胞瘤中人疱疹病毒6与食管胃癌中HHV7的相关性使用独立数据集进行了验证。他们还发现了HPV42与指乳头状腺癌之间的新联系。与进行费力的单个病毒发现分析相比，仅通过数据分析就可获得用于发现的数据，使资源能够专门用于研究病毒在肿瘤发生中可能发挥的作用和考虑基于病毒的治疗。
”这个项目的研究结果进一步支持学习的相关性疾病的微生物的作用,在本研究中使用的方法移植到更小的实验室,”安妮塔·s·鲍曼说联合研究员,MS,病理学系纪念斯隆凯特林癌症中心,纽约,纽约,美国“在快节奏的肿瘤学世界中，有效地识别这些肿瘤-病毒关系可以增加集体知识库，还可能导致改善治疗选择。最终，了解病毒感染后的肿瘤发生将有助于实现我们拯救生命的共同目标。”
