在过去的15年里，癌症研究人员一直在使用DNA测序技术来识别导致不同形式癌症的基因突变。现在，Salk助理教授Edward Stites和他的计算机科学家团队已经将基因突变信息与癌症流行数据结合起来，揭示了美国所有癌症患者的癌症遗传基础。
这项研究于2021年10月13日发表在《自然通讯》(Nature Communications)杂志上，揭示了在癌症患者群体中，基因组中的每个基因发生突变的共性。这一发现有助于指导基因研究开发比目前更有效的治疗方法。
“这篇论文回答了一个非常基本的问题:在人类癌症中最常见的突变基因是什么?”斯蒂特斯说，他也是一名医生，也是赫斯特基金会发展主席的持有者。“令人惊讶的是，这个问题没有得到回答。”
基因突变在癌症的发展和生长中起着基础性的作用。它们也可以作为有效治疗的目标。然而，尽管许多研究已经确定了某些癌症(如乳腺癌或淋巴瘤)所涉及的突变，但还没有人设法将这些数据结合起来，以揭示在整个癌症患者群体中哪些突变最常见。每一种癌症都是不同的，这使得确定哪些致癌基因和哪些药物靶点应该优先进行进一步研究成为了一项挑战。
在这项新研究中，Stites的团队结合了基因组和流行病学癌症研究的数据集，以确定所有癌症患者中任何基因发生突变的比例。虽然这项任务最初看起来很简单，但他们很快就发现了为什么这个问题之前没有得到答案:基因组和流行病学研究没有为各种癌症使用一个共同的命名系统。例如，一些研究人员根据身体部位对癌症进行分类，而另一些研究人员则根据肿瘤类型对癌症进行分类，许多研究人员将两者结合使用。这使得数据集很难对齐，而这对于确定不同突变的常见程度至关重要。
为了克服这一挑战，科学家们仔细分析了200多项研究，并根据一致的命名系统分别审查和重新分类每种癌症。然后他们比较了数据集，考虑到一些癌症比其他癌症更常见的事实。当他们分析数据时，他们发现一些广为流传的观点是错误的。例如，KRAS是一个重要的致癌基因，据信在25%的癌症中发生了突变;相反，研究发现只有11%的癌症与此有关。这是发现个体基因突变比之前认为的更不常见的趋势的一部分。
Stites说:“这些发现表明，有必要重新评估人们的时间、注意力和资源集中在哪里。”“我们应该在不同的癌症遗传原因之间更均衡地平衡研究努力，我们应该在不同的主要治疗策略之间更均衡地平衡新的癌症治疗方法的开发，因为针对特定突变的概念的影响将比想象的要小。”
