一个由范德堡大学医学中心生物统计学家团队建立的名为cancer - immunu的新数据门户可以帮助癌症临床医生和研究人员预测哪些患者会对免疫检查点抑制剂做出反应。cancer - immunu的数据来自16种癌症类型的3652个样本，是探索免疫基因组连接的最大的免疫检查点封锁相关数据门户。
该团队在12月13日发表在《癌症研究》(Cancer Research)杂志上的一篇论文中提供了开放访问门户的详细信息。cancer - immunu整合了大规模的多维组学数据，包括遗传、体积和单细胞转录组、蛋白质组和动态基因组图谱。它还整合了临床表型。
虽然免疫检查点抑制剂可以挽救一些癌症患者的生命，但大多数患者对免疫疗法没有反应。研究人员正在努力识别预测反应的生物标记物，癌症免疫为解开免疫基因组连接提供了一个全面的功能门户。
“它提供了免疫原性数据的方便访问，并使研究人员能够将组学数据集转化为生物学见解和临床应用，”VUMC生物统计学系主任Yu shir博士说，Harold L. Moses癌症研究主席和该论文的资深作者之一。该论文的另一位资深作者、生物统计学副教授Qi Liu博士表示:“与现有的免疫检查点封锁反应结果数据库相比，cancer - immunu涵盖了最多数量的数据集和组学数据类型。”
数据门户的癌症类型包括黑色素瘤、非小细胞肺癌、转移性尿路上皮癌、肾细胞癌、膀胱癌、胶质瘤、结直肠癌、头颈部癌、食道胃癌、原因不明的癌症、胃癌、乳腺癌、肝细胞癌、前列腺癌、基底细胞癌和非黑色素瘤皮肤癌。
有了cancer - immunu门户，临床医生和研究人员可以上传和分析他们自己的数据，或者同时与现有数据进行共同分析。他们可以使用荟萃分析或泛癌症分析。该门户网站收集了三种类型的组学数据:遗传、转录组学和单细胞数据。泛癌模块将多个数据集聚合为一个，增强了罕见特征的检测和分析。生物统计学家在研究中指出，虽然meta分析——独立研究的统计评估聚焦于相同的问题——未能检测到显著的基因突变，但泛癌分析是一种针对多种癌症类型的更广泛的评估，检测到182个基因突变与免疫检查点抑制剂显著相关。
该研究的第一作者、希尔研究实验室的博士后研究员杨静博士说:“癌症免疫有助于解决已知生物标记物有效性评估的不足和挑战。”
